近年來，我國物流產業發展迅速，甚至已成為許多企業的“第三利潤源”。
然而，不可忽視的是，我國物流企業普遍陷入了利潤微薄、發展乏力的困境。究其原因，有資金和人才短缺、管理落后、信息化水平低、功能單一、“價格戰”惡性循環、區域分割協同性差等。從根本上分析，我國第三方物流面臨的種種困境可歸結為以下五大矛盾：
企業快速發展與資金短缺的矛盾
物流的效益來自于網絡和規模經濟，在網絡布局和信息化建設方面的遲緩，足以影響我國未來第三方物流企業在市場中的地位。
隨著2005年底中國物流業的全面開放，外資物流企業憑借資本和技術優勢，對國內網絡較為完善的民營物流企業進行了多次并購，大張旗鼓地布局中國物流市場。與外資企業并購重組速度相比，中國的物流企業發展雖然成績不俗，但無論是國有企業，還是民營企業，差距是明顯的。對于初創時期的我國第三方物流業來講，規模小、網絡有限，制約了企業的快速發展，國外巨頭雄厚的資本更是令國內企業相形見絀。資金瓶頸直接制約了國內第三方物流企業的資源整合和網絡擴張速度，進而影響了我國物流企業綜合競爭實力的提高。
同時，資金短缺也影響了我國物流行業在信息化建設和引進先進物流技術方面的推進速度。國內物流企業雖然對信息化和引進先進技術手段的重要性達成了共識，但由于信息化和新技術往往投資巨大，且要求供應鏈中的上下游企業同步實施才能真正產生成效，大部分物流企業只能望洋興嘆。除投資資金短缺外，大部分第三方物流企業的運營資金亦在迅速擴大的業務規模中捉襟見肘。
物流行業復雜化與人才瓶頸的矛盾
現代物流是一個兼有知識密集、技術密集、資本密集和勞動密集特點的外向型和增值型的服務行業，綜合性強、操作性強，其所涉及的領域十分廣闊。從物流人才的職能結構看可分為規劃類、營銷類、管理類和作業類。目前的物流人才供給狀況中，作業類人員有富余，而規劃類、營銷類、管理類人才，尤其是復合型的人才缺乏嚴重。從統計資料表明，在我國物流人才的招聘中，規劃類、營銷類和管理類的職位需求比例占到60%以上。
相對于物流業快速發展而言，我國物流教育相對滯后，致使我國物流人才在結構上的矛盾愈加突出�，F有大專院校的物流專業畢業生，在專業知識結構上普遍存在著缺乏硬學科知識背景的問題，而掌握物流專業知識同時又兼備金融、貿易等其他專業知識的復合型人才則更是少而又少。
規范化運作與市場相對無序的矛盾
在物流硬件設施不斷改善的情況下，中國物流市場的軟環境并沒有相應幅度的改觀，我國物流市場的無序性較大程度的干擾了正規物流企業的正常運營，成為了我國物流業健康發展的“軟性瓶頸”。我國物流市場的無序性主要表現在兩個方面，即市場競爭的無序和物流行業標準的缺乏。
目前，中國物流產業呈現過度競爭和高度壟斷并存的奇怪市場格局。在基礎物流服務領域，如公路運輸領域過度競爭十分嚴重，但在鐵路、航空運輸領域，壟斷性又非常強。我國大部分物流企業從事基礎物流服務，功能單一，物流市場準入低，監管力度小，導致目前我國物流市場陷入價格戰怪圈。而物流需求企業出于降低成本的壓力，價格在其物流外包決策中占有很大的權重，致使出現了很多“膽量大”的“劣質”物流企業在競爭中將合法經營的“優質”物流企業“打敗”的怪現象。
物流市場的無序化還表現在缺乏全國統一、與國際接軌的物流行業標準，物流企業各行其是，物流運作標準不一、物流工具規格不一，物流條碼不統一，諸多物流標準的缺失增加了物流協同運作的難度，降低了物流效率。
行業快速發展與國企改革相對滯后的矛盾
我國第三方物流快速發展與國有企業改革相對滯后的矛盾主要體現在兩個方面：一是國內物流需求企業尤其是國有企業由于物流觀念相對落后或者企業內部的原因自營物流，導致第三方物流需求沒有得到充分釋放；二是脫身于國有企業的第三方物流企業在人力資源管理、決策機制等企業管理制度上還保留著較多原有體制的烙印，在一定程度上局限了第三方物流企業的快速壯大與發展。
第三方物流是社會分工發展的必然趨勢，以其專業化、系統化、高效率的服務能力已成為社會物流發展的主流模式。但根據《2007年中國物流年鑒》，我國2006年物流總費用為3．8萬億元，而第三方物流總費用僅為0．23萬億元，比重不到10%，我國第三方物流的需求沒有得到充分釋放。
從物流企業內部管理體制上看，長期以來，國有企業改革遺留下不少問題，如政策性虧損、債務負擔大、在職人員偏多、離退休人員不斷增加等，從國有企業改制過來的第三方物流企業，也遇到類似問題，成為了新興的第三方物流公司的“老包袱”。
現代物流協同化與行政分割的矛盾
物流業是一種跨部門、跨行業的服務行業，不但涉及公路、鐵路、航空、水路甚至管道運輸等多種方式，還涉及多個業務種類。物流涉及的行業主管部門不但有交通部、鐵道部，還有民航總局、郵政局、海關等，這些部門各有各的規劃，缺乏統一的大物流構想，導致物流企業在整合各項資源時難度很大。
