（1）平等原則
供應鏈成員企業，無論規模大小，實力強弱，在合作中的地位和對利益追求的權力是平等的。平等原則是利益分配的最基本的原則，如果供應鏈企業相互間不平等，那么就不可能形成長期的合作關系，也不能使整個供應鏈保持高效的運營，也就不能實現供應鏈最大利益。
（2）公平兼顧效率的原則
供應鏈企業是作為一個整體開展活動的，企業間存在著復雜的相互關聯的工作內容，需要各成員企業的相互協同工作，公平有助于企業間的團結精神，避免企業間過度競爭和隔閡，從而影響整個供應鏈的績效。但對這個問題也要辯證的看待，因為過分的公平可能會挫傷供應鏈中最優秀企業的積極性，所以必須在公平和效益之間找一個平衡，即公平也兼顧效益。
（3）互惠互利的原則
所謂的互惠互利是指在企業合作過程中，要保證每個成員企業都能從成功后的供應鏈中獲取相應的利益，否則將會損害成員企業的積極性。在博弈論中己經證明，要保證聯盟的穩定性，必須保證加入供應鏈后企業從供應鏈中獲取的利益要大于不加入供應鏈的利益，否則成員企業就不會加盟供應鏈企業。只有互惠互利才能謀求長久、穩定的共同發展，無原則的侵占其它企業應得的利益，會損壞合作關系的融洽，最終會使合作關系破裂。
（4）協商讓利原則
在利益分配中過程中，最容易產生分歧引起糾紛的，是在實踐中出現的協議中又無規定的或規定不明確的新利益。這時，應本著實事求實、充分協商的原則解決。因為任何一個成員如果因不滿而退出都會導致聯盟的破裂，必須通過高層間的談判及協商來解決利益分配問題。另外，當實際利益分配明顯有利于某企業時，該企業應適當讓出一部分利益給利益分配明顯偏低的企業，以謀求共同發展。
（5）利益與風險掛鉤原則
一般而言，成員企業所承擔的風險越大，其所獲的利益也應該越多，如果不考慮利益與風險的相關性，企業將會缺乏動力去承擔風險。目前，有學者采用模糊綜合評判方法來進行合作伙伴市場、技術、合作等各類風險系數的估算，據此求出伙伴總的風險系數，并在計算各伙伴的總投資額的基礎上，利用風險系數來確定各伙伴的收益分配比例。
（6）民主決策原則
供應鏈企業的利益分配方案制定的過程是一個由眾多成員企業群體決策的過程。在決策過程中成員企業可以從自身的角度提出初始的利益分配方案，而核心企業則引導成員企業對所有初始方案進行選擇或修改。供應鏈企業利益分配方案的群體決策過程充分體現了決策的民主性，使得最后制定的利益分配方案更容易讓成員企業接受，對成員企業更具有鼓勵性。
（7）科學分配原則
制定供應鏈企業利益分配方案是以科學的合作利益分配理論為基礎，而不是完全憑主觀判斷。以科學的理論為基礎制定的虛擬企業利益分配方案將更能讓成員企業接受。
（8）信息透明原則
信息溝通問題通常是引起矛盾的原因，因此，為了減少因信息溝通而造成的誤會和矛盾，供應鏈核心企業在利益分配過程中應及時披露利益分配的方案、計算方法等方面信息。
另外，對利益分配應該有廣義的認識，利益分配不僅是指合作產品及其利潤的分配，而且還應該包括聯盟所產生的專利權、技術訣竅、商標、商譽等，也應該對這些無形資產進行科學的評估，為利益分配提供依據。
從上面的分析我們可以看出公平分配是維系合作關系的關鍵，也就是確定合理的貢獻率值（第方對由方構成的供應鏈的整體收益的貢獻率，有。同一個企業在節點不同的供應鏈中的分配率是不相同的；在相同的節點數、不同的節點構成的供應鏈中的分配率也是不同的），合作博弈理論正是解決這類問題的常用方法，我們根據博弈理論，按照Shapley值將合作收益均等地分配于各合作方，提出了供應鏈利益分配方案實施的步驟：
（1）供應鏈各企業分別建立對外協調部門
企業對外協調部門主要是處理本企業與其它企業之間的沖突，尤其是利益沖突，一般應由企業的副總經理負責。
（2）各協調部門共同確定合作利益分配的原則
古人曰：沒有規矩不成方圓。因此在進行供應鏈利益分割之前，應該共同制定一個利益分配原則，以免以后引起糾紛無章可循。
（3）選擇一個科學合理的利益分配方案
利益分配原則只是一個總的指導原則，還不能根據這個原則進行科學、合理的分配，因此，必須根據利益分配相關理論和模型，結合自己的實際情況，選擇一個適合自己的利益分配方案。
（4）利益分配方案的實施
確定了利益分配的原則和選擇了利益分配的模型后，供應鏈核心企業就可具體實施利益了。
（5）修正利益分配方案經過初次的利益分配后，由于模型本身的不足或實際情況的復雜性，或由于其它的原因，可能造成利益分配的結果不太令人滿意，這時就需要供應鏈各企業去協商解決，尤其是核心企業應帶領成員企業共同協商去修正利益分配方案，盡量使各成員企業都認為利益分配的公平性、合理性。
