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學院現設有道路與機場工程系，交通工程系，運輸管理工程系，交通信息工程系，道路與交通工程研究所，智能交通系統研究中心，交通信息通訊實驗研究中心等單位，并擁有全國道路與交通領域唯一國家級實驗室-教育部道路與交通工程重點實驗室。
學院現有教職員工20多人，其中教授22名，副教授38名，博士研究生導師20名。學院現有在校本科生850多人，碩士研究生350多人，博士研究生100多人。2002年招收的本科生180多名，碩士研究生121名，2003年已錄取碩士研究生118名。
交通運輸工程學院是首批獲得交通運輸一級學科博士點的院校，擁有道路與鐵路工程、交通運輸規劃與管理、交通運輸工程與控制、載運工具運用工程四個二級學科的博士點與研究點，以及道路與鐵道工程和交通運輸規劃與管理博士后流動站。
交通運輸工程學科為同濟大學的優勢學科和優先發展學科，先后被確定為上海市重點學科、國家重點學科和'211工程'重點建設學科。道路與鐵道工程和交通信息工程與控制學科獲得了"長江學者特娉教授崗位"。2001年道路與鐵道工程、交通運輸規劃與管理被評為國家級重點學科。 | 
